Sulla religione primitiva dei Maya mancano fonti attendibili. Sembra venissero adorate le forze della natura che influivano sulla vita dell’uomo: il sole, la luna, la pioggia, la folgore, ecc. Il successivo evolversi della credenza religiosa è del pari poco accertato.
Nel periodo del Nuovo Impero i Maya adoravano come divinità principale Itzamna in cui vedevano la personificazione della luce, del sole, della sapienza. Al culto di questo dio era particolarmente dedicata la città di Itzamnal nello Yucatân.
Altri dei importanti erano Cuculcan, « il serpente ricoperto di piume » che s’identifica con Quetzalcoatl, Ahpuch, dio della morte, e la dea lxchel, moglie di Itzamna. I Maya credevano in una vita ultraterrena.
Il culto pubblico comprendeva numerose cerimonie, varie e complesse, fra le quali vi era la confessione dei peccati.
